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😷|新型コロナ27人が経路不明 13日、宮城で72人感染確認 入院中の患者は過去最多213人


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新型コロナ27人が経路不明 13日、宮城で72人感染確認 入院中の患者は過去最多213人

 
内容をざっくり書くと
県によりますと、4月上旬に発症した5人の患者から、感染力の高さが懸念されている、「N501Y」と呼ばれる変異を持つウイルスが見つかったということです。
 

宮城県内では4月13日、新たに72人の新型コロナウイルス感染が確認され、このうち27人の感染経路が分… →このまま続きを読む

 仙台放送

「仙台放送」(フジテレビ系列)ニュースのアカウントです。宮城県の最新ニュースを発信します。


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SARSコロナウイルス2の変異株

新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) > SARS-CoV-2の変異株

新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) を引き起こすウイルスであるSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) は、他のウイルスと同じく突然変異率が高いため、時間の経過とともに多くの変異株が生じる。この項目では、注目すべきSARSコロナウイルス2の変異株(サーズコロナウイルスツーのへんいかぶ、英語: variants of SARS-CoV-2)について説明し、これらの変異株の一部またはすべてに見られる注目すべきミスセンス変異についても説明する。

GISAID S クレード / 英語版 A 系統 / 英語版 19B クレードに属する WIV04/2019 塩基配列は、「シーケンスゼロ」として知られる、ヒトに感染する原型ウイルスの塩基配列を最も厳密に反映している可能性が高いと考えられており、参照配列として使用される[2]

変異株対照表

最初の検出PANGO 系統名他の系統名注目すべきミスセンス変異臨床的変化のエビデンス [note 1]拡散Ref.
地域日付伝染性毒性抗原性
ナイジェリアの旗 ナイジェリア2020年8月B.1.1.207P681H国家間[3][4]
イギリスの旗 イギリス2020年9月B.1.1.7VOC-202012/01, 20I/501Y.V1N501Y, 69–70del, P681H~74 % 増加 ()~64 % (32—104 %) 以上の致死性 ()抗原活性が減少 ()世界規模[3][5][6][7][8][9][10][11][12]
デンマークの旗 デンマーク2020年10月Cluster 5, ΔFVI-spike ()Y453F, 69–70deltaHV中和抗体に対する感受性が中程度に低下 (WHO)絶滅の様相[13][14][15]
南アフリカ共和国の旗 南アフリカ2020年12月B.1.351501.V2, 20H/501Y.V2,
VOC-202012/02
N501Y, K417N, E484K~50 % (20–113 %) 増加 ()抗体により中和が減少 (ECDC)世界規模[3][16][17][5][18][19][20]
日本の旗 日本
ブラジルの旗 ブラジル
2021年1月P.1B.1.1.28, VOC-202101/02, 20J/501Y.V3 の子孫N501Y, E484K, K417T増加の様相 (CDC)~45 % (10–80 %) 以上の致死性 ()効果的な中和の全体的な減少 ()国家間[3][17][21][22][23][20][5][24]
イギリスの旗 イギリス
ナイジェリアの旗 ナイジェリア
2020年12月B.1.525VUI-202102/03 (PHE), 以前の UK1188E484K, F888L増加の様相 (CDC)増加の様相 (CDC)「適度に」減少した中和 ()国家間[25][26][27]
アメリカ合衆国の旗 アメリカ2020年12月B.1.429CAL.20CI4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R~20% 増加 (CDC)調査中「適度だが著しく」減少した中和 ()国家間[28][29]
Notes
  1. ^ "—" は、引用できる信頼できる情報源が見つからなかったことを示す。

命名法

SARS-CoV-2 の対応する系統名称[30]
PANGO 系統 (命名規則の提案, Nature を参照)PANGO 系統への注記 (Alm et al. を参照)Nextstrain クレード, 2021[31]GISAID クレード注目すべき変異株
A.1–A.619BS"参照配列" である WIV04/2019 を含む[2]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.1619AL
O[注釈 1]
B.2V
B.1B.1.5–B.1.7220AGPANGO 系統における系統 B.1
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37GH
B.1.3–B.1.6620CCAL.20C を含む[32]
20G一般的に米国で優勢、2021年1月[32]
20HB.1.351 別名 20H/501Y.V2 または 501.V2 系統 を含む
B.1.120BGRB.1.1.207 を含む
20DP.1 と P.2 を含む[33]
20F
20I系統 B.1.1.7 別名 VOC-202012/01 or 20I/501Y.V1 を含む
B.1.17720E (EU1)[31]GV[注釈 1]20A から派生[31]

SARS-CoV-2に対する一貫した命名法は確立されていない[35]。政府や報道機関を含め、変異株に関しては、最初に特定された国を呼称することもあるものの[36][37][38]、 2021年1月 (2021-01)現在, 世界保健機関 (WHO) は、「地理的な場所を参照しない SARS-CoV-2変異株の標準的な命名法」に取り組んでいる[39]

SARS-CoV-2には何千もの変異株が存在し[40]、ウイルスの亜種は、系統や系統群などのより大きな分類群へ分類できる[注釈 2]。主要かつ一般的に使用される下記 3 種類の命名法[35]が提案されている、

  • 2021年1月 (2021-01)現在GISAID(SARS-CoV-2を「hCoV-19」と呼称[41])は、 8つのグローバルクレード (S, O, L, V, G, GH, GR, GV) として識別する[42]
  • 2017年、 Hadfieldらは、「病原体の進化をリアルタイムで追跡する」ことを目的とした 英語版 を発表した[43]。Nextstrain は後に SARS-CoV-2 の追跡に使用され、 2021年1月 (2021-01)現在において 11 のクレード (19A, 19B, 20A ~ 20I) [注釈 3] を識別する[44]
  • 2020年、 Rambautらは、英語版[45]ソフトウェアチームによる記事[46]「活発に流行しているウイルス系統と新しい場所に広がるウイルス系統に焦点を当てたSARS-CoV-2系統の動的命名法」で提案し[35]、2021年2月 (2021-02)現在において、6つの主要な系統 (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7) を識別する[47][48]

各国の英語版は、特定の亜種を追跡する目的で独自の命名系を制定することもできる。たとえば、英語版の命名系では、追跡対象の各特異株を[YYYY] [MM] / [NN]の形式で年、月、番号を指定し、特異株の種別に応じて「VUI」(Variant Under Investigation; 調査中の変異株) または「VOC」(Variants of Concern; 懸念される変異株) を接頭に表示する[25]

注目度の基準

ウイルスは通常、時間の経過とともに突然変異を獲得し、新しい変異株を生み出す。新しい変異株が集団で成長しているように見える場合、それは「新規変異株」としてラベル付けする。

新規変異株としてラベル付けする兆候は次のとおり[3][49]

  • 伝達率の向上
  • 罹患率の増加
  • 死亡率の増加
  • 診断テストによる検出を回避する機能
  • 抗ウイルス薬に対する感受性の低下(そのような薬が利用できる場合)
  • 治療的(例えば、回復期血漿またはモノクローナル抗体)または実験室実験における中和抗体に対する感受性の低下
  • 自然免疫を回避する能力(例えば、再感染を引き起こす)
  • 予防接種を受けた個人に感染する能力
  • 多臓器炎症症候群や英語版などの特定の状態のリスクの増加
  • 子供や免疫不全の個人など、特定の人口統計学的または臨床的グループに対する親和性の増加

これらの基準の1つ以上を満たすように見える変異株は、これらのプロパティの検証と妥当性確認が行われるまで、「調査中の変異株」 (variants under investigation) または「注目すべき変異株」 (variant of interest) とラベル付けされる場合がある。「注目すべきの変異株」の主な特徴は、それが症例の割合の増加や、固有に勃発したクラスターの原因である証拠を示していることである。ただし、流行または感染拡大が国レベルで制限されている必要がある。それができない場合、警戒レベルは「懸念される変異株」 (variant of concern) に引き上げられる[50][51]。予防または介入措置が特定の変異株の有効性を大幅に低下させたという明確な証拠がある場合、その変異株は「十分に帰着した変異株」 (variant of high consequence) と称される[52]

注目すべき変異株

Cluster 5

2020年11月初旬、英語版 (SSI) によってΔFVIスパイクとも呼ばれる Cluster 5[13]デンマーク北ユラン地域で発見された。ミンクから英語版を経由して人間に拡散したと考えられている。2020年11月4日、英語版淘汰して、この突然変異が広がる可能性を防ぎ、新しい突然変異が発生するリスクを減らすことが発表された。突然変異が広がるのを防ぐために、封鎖と旅行制限が北ユトランドの7つの自治体に導入された。これは、COVID-19パンデミックに対する英語版または国際的な対応に適合する。2020年11月5日までに、214人のミンク関連のヒトの症例が検出された[53]

世界保健機関 (WHO) は、クラスター5は「中和抗体に対する感受性が中程度に低下している」と述べた[14]。SSIは、突然変異によって開発中のCOVID-19ワクチン効果が低下する可能性があるものの、役に立たなくなる可能性は低いことを警告した。ロックダウンと大規模な検査の結果、SSIは2020年11月19日に、クラスター5がおそらく絶滅したと発表した [15]。2021年2月1日の時点で、すべてSSIの査読付き論文の著者は、クラスター5がヒト-ヒト間で流行していないと評価した[54]

系統 B.1.1.7 / 懸念される変異株 202012/01

2020年10月に英国での COVID-19パンデミック中に、前月の採取サンプルから最初に検出された[55] 系統 B.1.1.7[56]は、2020年12月に最初の調査中の変異株 (VUI–202012/01) として[57]、および系統 B.1.1.7 または 20I/501Y.V1 (以前の20B/501Y.V1)[58][59][3]として、以前は知られていた。 それ以来、その有病率は、推定される世代間隔である6.5日ごとに2倍になった[60][61]。これは、英国でのCOVID-19感染率の有意な増加と相関しており、N501Y 変異に部分的に関連する。この変種では伝達率が40%から80%増加するという証拠がいくつかあり(ほとんどの推定値はこの範囲の中間から上限付近にある)[62]、初期分析では致死率の増加が示唆されている[6][63]

懸念される変異株 202102/02

英語版 (PHE) によって "B.1.1.7 with E484K"[25]と記述される懸念される変異株 202102/02 (VOC-202102/02) は、Rambaut分類系と同じ系統だが、E484K 突然変異株が追加されている。 2021年2月18日の時点で、英国では 26件の VOC-202102/02 が確認されている[25]。2021年3月4日、米国オレゴン州でE484K変異を伴うB.1.1.7が報告された。分析された13のテストサンプルのうち1つが、この組み合わせを持っていた。これは、取り込まれたのではなく、自発的かつ局所的に発生したように見える[64][65][66]

系統 B.1.1.207

ナイジェリアで2020年8月に最初に配列決定された[67]感染経路病原性への影響は不明だが、米国疾病予防管理センターによって新規変異株としてリストされた[3]。ナイジェリアの感染症のゲノミクスのためのアフリカセンターオブエクセレンスによって配列決定されたこの変異体は、英国の系統 B.1.1.7と共通して共有されるP681H変異を持つ。系統B.1.1.7と他の変異を共有しておらず、2020年12月下旬の時点では、この変異体はナイジェリアで配列決定されたウイルスゲノムの約1%を占めたが、これは上昇する可能性がある[67]。2021年3月までに、系統B.1.1.207は日本、ペルー、ドイツ、シンガポール、香港、ベトナム、コスタリカ、韓国、カナダ、オーストラリア、フランス、イタリア、エクアドル、メキシコ、英国、米国で検出されている[4]

系統 B.1.1.317

B.1.1.317 は懸念される変異株とは見なされないものの、英語版は、オーストラリアブリスベンでホテルの検疫を行う2人がこの変異株に感染していることを受け、義務である14日の隔離期間に加えて追加5日間の検疫を強制した[68]

系統 B.1.1.318

系統 B.1.1.318 は、2021年2月24日にPHEによって調査中変異株 (VUI-202102/04) として指定された。英国では 16 症例が検出されている[69][70]

系統 B.1.351

2020年12月18日、501.V2 変異株 — 501.V2、20H/501Y.V2 (以前の 20C/501Y.V2)、VOC-202012/02 (PHE)、または系統 B.1.351[3]としても知られる — は南アフリカ共和国で最初に検出され、英語版により報告された[71]。この変異体の有病率は、基礎となる健康状態のない若者の間で高く、他の変異体と比較して、これらの症例ではより頻繁に重篤な病気を引き起こすと報告された[72][73]。南アフリカの保健局はまた、この変異株が他の初期のウイルスの変異株よりも速いペースで広がっているため、この変異株が英語版の第2波を引き起こしている可能性があることを示した[71][72]

ウイルスのスパイクタンパク質受容体結合ドメイン (RBD) に N501Y[71][74]、K417N、E484K[16][75]の3つの変異があるため、変異体にはヒト細胞への付着を容易にするいくつかの変異が含まれていることに注目された。N501Y 変異は英国でも検出されている[71][76]

系統 B.1.429 / CAL.20C

系統 B.1.429 としても知られる CAL.20C は、5つの異なる変異 (ORF1ab 遺伝子の I4205V と D1183Y、およびスパイクタンパク質 S遺伝子の S13I、W152C、L452R) によって定義され、そのうち L452R(以前は他の無関係な系統で検出された)は特に懸念された[32][77]。CAL.20C の方が感染しやすい可能性があるが、これを確認するにはさらなる調査が必要である[77]英語版が始まって以来、米国ロサンゼルス郡で収集された1,230のウイルス標本のうちの1つで、カリフォルニア州英語版の研究者によって2020年7月に最初に観察された[78]。再検出は、カリフォルニアの標本で再び出現する2020年9月まで無く、2020年11月まで数は非常に少ないままであった[79][80]。2020年11月、CAL.20C 変異株はシダーズシナイ医療センターで収集された標本の36%を占め、2021年1月までに CAL.20C 変異株は標本の50%を占めた[77]。米国カリフォルニア大学サンフランシスコ校英語版、および英語版による共同プレスリリースによれば [81]、この変異株はカリフォルニア州北部の複数の郡でも検出された。 2020年11月から12月にかけて、カリフォルニア州北部のシーケンスされた症例における変異の頻度は3%から25%に上昇した[82]。事前発表では、CAL.20C はクレード 20C に属し、標本の約36%を占めていると説明され、カリフォルニア州南部に焦点を当てた研究では、20Gクレードからの新しい変異株が標本の約24%を占める。ただし、米国全体では、2021年1月の時点で、20Gクレードが優勢である[32]。カリフォルニア州での CAL.20C の数の増加に続き、変異株はほとんどの米国の州でさまざまな頻度で検出される。北米のほか、ヨーロッパ、アジア、オーストラリアでも少数が検出されている[79][80]

系統 B.1.525

B.1.525 は、英国公衆衛生サービス (PHE) により VUI-202102/03 とも呼ばれ、以前は UK1188 として知られていた[25]。この株は系統 B.1.1.7501.V2 変異株 および 系統 P.1 に見られるような N501Y 変異を持たないが、P.1、P.2、および 501.V2 に見られるものと同じ E484K 変異を持ち、B.1.1.7、N439K 変異株 (B.1.141 および B.1.258)、および Y453F 変異株 (Cluster 5) に見られるものと同じΔH69/ΔV70 欠失 ( 69 位および 70 位のアミノ酸ヒスチジンおよびバリンの欠失) を持つ[83]。B.1.525 は、E484K 変異と新しい F888L 変異 (スパイクタンパク質の S2 ドメインでフェニルアラニン (F) がロイシン (L) に置換されている) の両方を持っているという点で、他のすべての変異株とは異なる。 3月5日の時点で、英国デンマークフィンランドノルウェーオランダベルギーフランススペインナイジェリアガーナヨルダン日本シンガポールオーストラリアカナダドイツイタリアスロベニアオーストリアマレーシアスイスアイルランド共和国アメリカ合衆国を含む23か国で検出され[84][85][86][27][87][88][89]フランス海外県マヨットでも報告された[84]。最初の症例は2020年12月に英国とナイジェリアで検出され、2月15日の時点においては、後者の国のサンプルの中で最も高い頻度で発生した[27]。2月24日の時点では、英国において56件の症例が見つかった[25]。すべての COVID-19 症例をシーケンスしたデンマークは、1月14日から2月21日までにこの変異株の113症例を発見し、そのうち7症例はナイジェリアへの海外旅行に直接関係していた[85]

英国の専門家は、それがどれほどのリスクになる可能性があるかを理解するためにそれを研究している。現在、「調査中の変異株」と見なされているが、さらなる調査次第では「懸念される変異株」となる可能性がある。ケンブリッジ大学英語版教授が BBC へ伝えたところによると、B.1.525 は、すでに他の新しい変異株の一部に見られるものの、その効果の可能性が高い程度で予測可能であり部分的に安心な「重要な突然変異」を持っているようだと語った[26]

系統 P.1

系統 P.1 は、英国公衆衛生サービスにより 懸念される変異株 VOC-202101/02 と呼称され[25] 、 により 20J/501Y.V3 と呼称され[90][91]国立感染症研究所 (NIID) によって2021年1月6日に東京で検出された。新しい系統は、2021年1月2日にブラジルアマゾナス州から東京に到着した4人から最初に特定された[92]。2021年1月12日、ブラジル-英国 CADDE センター は、アマゾンの熱帯雨林における P.1 の新しい系統の13の局所的症例を確定した [22]。SARS-CoV-2 のこの変異株は、系統 P.1 と名付けられ(B.1.1.28 の子孫ではあるが、 B.1.1.28.1 という命名は許可されていない故に P.1 と命名)、 17の固有なアミノ酸変化を持ち、その変化のうち10のスパイクタンパク質は、N501YE484K、K417T、3つの懸念する変異を含む[22][93][94]

新しい系統は、ブラジルアマゾナス州マナウスで2020年3月から11月にかけて採取された標本には存在しなかったが、2020年12月15日から23日までの採取時には42%、12月15日から31日までの期間では 52.2%、2021年1月1日から9日までの期間では 85.4%が同じ都市で検出された[22]。別のブラジルの研究では、リオデジャネイロ州で流行している系統 B.1.1.28 の別の亜系統が特定され、現在は系統 P.2 と呼ばれる [95]。この株は E484K 変異を持つが N501Y は変異していない [96][97]。系統 P.2 は、マナウスの系統 P.1 とは直接関係せず、リオデジャネイロで独立して進化した[22]

ある研究によれば、 P.1 感染は、他のブラジルの変異株 ( B.1.1.28 または B.1.195 ) のいずれかに感染した人と比較して、ほぼ10倍のウイルス量を生み出す可能性がある。また、 P.1 は、成人と高齢者に感染する能力で 2.2倍高い伝染性を示し、性別に無関係の若年層より感染しやすいことを示唆している[98]

2020年11月から2021年1月の間にマナウスで収集されたサンプルの研究は、系統 P.1 は1.4倍から2.2倍高い伝染性を持ち、以前のコロナウイルス罹患時による免疫の25%から61%を回避し、前回の COVID-19 感染から回復しても再感染の可能性があることを意味する。死亡率に関しても、P.1の感染は10%から80%も更に致死的である[99][100][24]

ワクチンの研究から、ファイザーまたはモデルナの完全ワクチン接種を受けた人は、 P.1に対する中和効果が大幅に低下した。つまり、ワクチン接種を受けた人は、入院や死亡の可能性からは 100%保護されながらも、 P.1感染のリスクが軽度に高くなることを意味する[101]

2つの研究の予備データは、オックスフォード-アストラゼネカワクチンが P.1 変異株に対して有効であることを示すものの、正確な有効レベルは未発表である[102][103]。ブラジルの英語版が実施した研究の予備データは、CoronaVac が P.1 変異株に対しても有効であることを示唆しており、この研究は最終的なデータを得るために継続される予定である [104]

系統 P.3

2021年2月18日、英語版は、ゲノム配列解析のため中部ビサヤ地方(「地域7」として知られる)から送られた患者からのサンプルから、 COVID-19 の2つの突然変異を検出した。後に E484K および N501Y と名付けられたこの変異は、50サンプルのうち37サンプルで検出され、両方同時の変異は29サンプルから検出した。この時点では亜種の正式な名前はなく、完全な配列も未特定であった[105]

2021年3月13日、フィリピン保健省は変異を確認し P.3 変異株と命名した[106]。同日、国内で最初となる系統 P.1 による COVID-19 症例も確認された。変異株 P.1 と P.3 はどちらも系統 B.1.1.28 に由来するが、同省は、ワクチンの有効性と伝染性に対する P.3 変異株の影響はまだ確定していないと述べた。フィリピンにおける P.3 変異株による発症は、2021年3月13日時点で98 症例であった[107]。同月中に、P.3変異株は日本国内でも確認された[108]

ミスセンス変異

ミスセンス変異名は、次の命名規則に従う。

  1. 左右のアルファベットは、アミノ酸の略号である(略号の詳細は、「タンパク質を構成するアミノ酸#遺伝子発現と生化学」を参照)。左のアルファベットは変異前の、右は変異後のアミノ酸を表す。
  2. 真ん中の数字は、アミノ酸配列の何番目かを表す。

例えば「D614G」は、「アミノ酸配列の614番目の残基が、D (アスパラギン酸) からG (グリシン) に変異した」を意味する。

遺伝子文字列の変異の分析において、注意すべき点としては、例えば、「N501Y」といえば、イギリス変異株の系統のように感じてしまうが、遺伝子文字列の変異は、系統樹とは無関係に、偶然別の地域で同じ変異が起きる可能性があるので、「N501Y」が入っていても、必ずしも、イギリス変異株から変異したとは言い切れないことである。 系統の関連分析では、新しい変異株の発見の時期と陽性者の渡航歴などから可能性の高い類推は可能であり、「N501Y」をキーワードにして、イギリス変異株から南アフリカ変異株へと変異が広がったような類推の仕方は可能である。

D614G

D614G は、SARS-CoV-2 スパイクタンパク質に影響を与えるミスセンス変異である。ウイルス集団におけるこの突然変異の頻度は、パンデミックの間に増加した。多くの国々で(中国やその他の東アジア地域では徐々にではあるが、特にヨーロッパにおいて)、614 番目のD (アスパラギン酸) はG (グリシン) に置換された。このことはGが感染率を高めるという仮説を支持しており、in vitro (試験管内) での高いウイルス価および感染性とも一致する[2] 。PANGOLINは、この突然変異へ "Doug" という俗称を付けた[110]

2020年7月に、より感染性の高いD614G変異株がパンデミックの主要形態になったことが報告された[111][112][113][114]。PHEは、D614G突然変異が「伝達性に中程度の影響」を及ぼし、国際的に追跡されていることを確認した[115]

D614Gによる世界的な有病率はCOVID-19の症状としての嗅覚喪失 (英語版) の有病率と相関しており、おそらく受容体結合ドメイン (RBD) のACE2受容体へのより高い結合、または高いタンパク質安定性による英語版への高い感染性によって媒介されている[116]

D614G変異を含む変異株は、GISAIDによるGクレード[2]およびPANGOLINツールによる B.1クレードに見られる[2]

E484K

突然変異名E484Kは、484番目のグルタミン酸 (E) がリジン (K) に置き換わっていることを示す[117]。この置換には "Eeek" という俗称が付けられた[110]

E484Kは、SARS-CoV-2に対するモノクローナル抗体の少なくとも1つの形態からの逃避変異 (すなわち、ウイルスがもつ宿主の免疫系に対する回避能力を向上する変異[118][119]) であると報告されており、「抗原性の変化の可能性」を示すものである[19]。日本とマナウスで記述された系統 P.1[22]、系統 P.2 (ブラジルでは系統 B.1.1.248 として知られる)[96] と、501.V2 (南アフリカ) はこの突然変異を示している[19]。E484K変異を有する限られた数の B.1.1.7 ゲノムも検出されている[120]。モノクローナル抗体および血清由来抗体は、E484K変異を有するウイルスを中和する効果が10倍から60倍低いと報告されている[121][20]。2021年2月2日、英国の医学者は214,000サンプルのうち11サンプルからE484Kが検出されたと報告した。この突然変異は、現行ワクチンの有効性を損なう可能性がある[122][123]

N501Y

N501Yは、501 番目のアミノ酸位置でアスパラギン (N) からチロシン (Y) へ置換したことを示す[115]。N501Yには "Nelly" という俗称が付けられた[110]

この変化は、ヒト細胞の ACE2 に結合するスパイクタンパク質受容体結合ドメイン内に位置するため、PHEは英語版を高めると考えられている。データはまた、この変化による結合親和性増加の仮説を支持している[7]。 N501Yの変異株には、P.1 (日本・ブラジル)[19][22] 、懸念される変異株 202012/01 (英国) 、501.V2 (南アフリカ) 、および COH.20G / 501Y (米国オハイオ州コロンバス) が含まれる。これは、2020年12月下旬から1月にかけてコロンバスでウイルスの優勢な形態になり、他の変異株とは独立して進化したようである[124][125]

S477G/N

SARS-CoV-2における受容体結合ドメイン (RBD) の非常に柔軟な領域は、残基475から残基485まで続き、いくつかの研究でバイオインフォマティクスと統計的手法を使用して特定された。オーストリアのグラーツ大学[126]とBiotech Company Innophore[127]は、位置S477が構造的に最も高い柔軟性を示していることを、最近の出版物で示した[128]

また、S477はSARS-CoV-2変異体のRBDで最も頻繁に交換されたアミノ酸残基でもある。hACE2への結合プロセス中にRBDの分子動力学シミュレーションを使用した結果、S477GとS477Nの両方がSARS-COV-2スパイクとhACE2受容体との結合を強化することが示された。ワクチン開発企業のBioNTech[129]は、2021年2月に発行した査読前論文において、将来のワクチン設計に関連する成果としてこのアミノ酸交換を発表した[130]

P681H

2021年1月、査読前論文において、英国 (B.1.1.7) とナイジェリア (B.1.1.207) で検出された重要な新規SARS-CoV-2変異株の特徴である変異「P681H」が報告された。この変異株の出現は、現在世界的に普及している「D614G」と同様に、世界中での大幅な指数関数的増加の可能性を示した[131][109]

新しい変異株の検出と評価

2021年1月26日、英国政府は、ゲノム配列決定率を高め、新しい変異体を追跡するために、ゲノム配列決定能力を他の国と共有すると発表し、「新しい変異株評価プラットフォーム」を発表した[132]。 2021年1月 (2021-01)現在において、 COVID-19 の全ゲノム配列決定の半分以上が英国で行われた[133]

変異株の起源

免疫不全患者の持続感染の過程で複数の突然変異が発生する可能性があることを示唆されている。特に、ウイルスが抗体による選択圧に晒されるような回復期の抗血清治療下においては[134][135]、表面抗原の同じ欠失が異なる患者で繰り返されることにより[136]英語版を発症する。

ワクチンの有効性の違い

脚注

注釈
  1. ^ a b 他の情報源では、GISAIDは、O クレードを含まないが、GV クレードを含む 7 つのクレードのセットに名前を付けている[34]
  2. ^ WHO によれば "Lineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor" (系統またはクレードは、系統発生的に決定された共通の祖先を共有するウイルスに基づいて定義できる)[35]
  3. ^ 2021年1月 (2021-01)現在, Nextstrain 系のクレードとしてカウントするには、次の基準の少なくとも1つを満たす必要があります(出典からの引用):[31]
    1. そのクレードが2か月以上にわたり > 20 %のグローバル頻度を保持する
    2. そのクレードが2か月以上にわたり > 30 %の地域下頻度を保持する
    3. VOC (懸念される変異株) として認識される (2021年1月6日時点では、501Y.V1と501Y.V2に適用)
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関連項目

外部リンク

ScholiaにはSARS-CoV-2 の変異株 (Q104450895)に関するプロフィールがあります。


高懸念


 

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