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🏥|拡大するゲノム市場。“ヒト”を知る~進歩するゲノム解析の今とこれから


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拡大するゲノム市場。“ヒト”を知る~進歩するゲノム解析の今とこれから

 
内容をざっくり書くと
いずれゲノム解析・編集により、病気がなくなる時代も訪れるのだろうか。
 

“我思う、故に我あり”自己への探究は、私たち人類にとって永遠の課題のひとつだろう。 2003年、実は… →このまま続きを読む

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ゲノミクス

ゲノミクス英語:genomics、ジェノミクス、ゲノム学、ゲノム科学)とは、ゲノム遺伝子について研究する生命科学の一分野。

ゲノミクスは1980年代に現れ、1990年代のゲノムプロジェクトの開始とともに発展した。初めて完全長のゲノムが解読されたのはバクテリオファージFX174 (5,368 kb) で1980年のことである。自由生活生物としてはインフルエンザ菌で1995年。以来、猛烈な速さでゲノム解読が進行している。ヒトゲノムのおおまかな配列はヒトゲノムプロジェクトによって2001年前半に解読されている。

ポストゲノムプロジェクトのゲノミクスとして、さまざまな生物種のゲノムを比較することで、進化の解明を試みる比較ゲノミクスや、RNAiなどによる遺伝子阻害から、全体論的な機構解明を行う機能ゲノミクスなどがある。ゲノミクスではバイオインフォマティクス遺伝学分子生物学をツールとして用いるとともに、システム生物学のツールとしても用いられる。またゲノミクスは医療の分野に新たな治療法を提供してきている(ファーマコゲノミクス)。食品(ニュートリゲノミクス)や農業の分野へも応用される。

ゲノム解析

ある生物が対象に選ばれた後、次の三つの段階を経る。:シーケンシング、アセンブリ、アノテーション。[1]

シーケンシング

歴史的に見ると、初め、シーケンシングはシーケンシングセンターという中央集中型の施設(一年に数十テラ塩基の配列決定をおこなうのような巨大独立行政法人に囲まれた施設)で行われていた。そこには高価な実験器具や技術サポートを必要とする研究室が集まっていた。しかし、塩基配列決定技術が進歩し、十分に高速なベンチトップ型のシーケンサーができると、平均的なアカデミックラボでもシーケンサーを使えるようになってきた。[2][3]

全体的に見て、ゲノムシーケンシングの手法は二つに区分される。と(いわゆる、)である。 [1]

アセンブリ

配列アセンブリは大量のDNA配列断片をアライメントし、繋ぎ合わせ、オリジナルの配列を再構築することである。[1]

アノテーション

アセンブリされたDNA配列は、さらに追加の解析がなされないとほとんどの場合価値はない。[1] ゲノムアノテーションはDNA配列に生物学的情報を付加し、意味付けするプロセスである。

このプロセスは三つのステップからなる。[4]

  1. ゲノムの部分を同定する。
  2. ゲノム上の遺伝子、何か機能を持った領域を同定する。()
  3. これらの要素に生物学的情報を付加する。

出典

  1. ^ a b c d Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and functional genomics (2nd ed.). Hoboken, N.J: Wiley-Blackwell. ISBN 9780470085851 
  2. ^ Monya Baker (2012年9月14日). “Benchtop sequencers ship off (Blog)”. Nature News Blog. 2012年12月22日閲覧。
  3. ^ Quail, M.; Smith, M. E.; Coupland, P.; Otto, T. D.; Harris, S. R.; Connor, T. R.; Bertoni, A.; Swerdlow, H. P. et al. (2012). “A tale of three next generation sequencing platforms: Comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers”. BMC Genomics 13: 341. doi:10.1186/1471-2164-13-341. PMC: 3431227. PMID 22827831. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3431227/. 
  4. ^ Stein, L. (2001). “Genome Annotation: From Sequence to Biology”. Nature Reviews Genetics 2 (7): 493–503. doi:10.1038/35080529. PMID 11433356. 

関連項目

外部リンク


 

 

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